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Paris, 1522.
Valdo, jeune homme plein d'ambition, reçoit une lettre d'un mystérieux commanditaire lui demandant de retrouver un carnet ayant appartenu à Léonard de Vinci. Mécontent d'avoir été renvoyé par Francesco Melzi, disciple du Grand Maître, il décide d'accepter cette mission.
Il se rend alors au Manoir du Cloux, près d'Amboise, dernière demeure de Léonard de Vinci qui recèle mille secrets et mystères. Sur place, il se fait passer auprès de Babou de la Bourdaisière, la maîtresse des lieux, pour un apprenti de Francesco Melzi faisant des études sur les machines de Léonard de Vinci restées au manoir.C'est dans l'ombre de cet alibi qu'il débute ses recherches.
La chambre de son hôtesse, l'atelier du Maître, le parc, le pigeonnier... Il explore chaque recoin de la propriété. Au cours de son enquête, il fait la connaissance de nombreux personnes comme Saturnin, un mystérieux gardien qui n'inspire guère confiance, ou même le Roi de France en personne.
Afin de mener sa quête à bien, il doit résoudre de nombreuses énigmes initiées par Léonard de Vinci, comme par exemple, remettre en état de fonctionnement certaines de ses oeuvres. En suivant les traces du génie, Valdo ne se doute pas du secret qu'il est sur le point de mettre au jour ni des dangers qui l'attendent.